Orphelin, Peter Parker est élevé par sa tante May et son oncle Ben dans le quartier Queens de New York. Tout en poursuivant ses études de biophysique à l'université, il trouve un emploi de photographe au journal Daily Bugle. Cependant, après avoir été mordu par une araignée radioactive, ce dernier est sujet à des transformations physiques : son agilité et sa force se sont accrues, et il se voit doter de pouvoirs surnaturels. Peter décide alors de participer à un combat de catch qu'il remporte avec une facilité déconcertante. Mais l'organisateur du spectacle, décrétant qu'il y a eu tricherie, refuse de lui remettre le prix de 3 000 dollars qui lui revient de droit. Au même moment, l'homme d'affaires mégalomane Norman Osborn expérimente sur lui-même de dangereuses solutions chimiques. Des mutations s'opèrent bientôt sur son corps et son esprit. Il se transforme alors en Bouffon Vert.
2 ans après avoir choisi sa vie de super-héros, Peter Parker ne parvient plus à gérer sa double vie. Il perd son boulot, Mary-Jane sait qu'elle ne peut plus compter sur lui, et ses études prennent le même chemin. Il décide de raccrocher le costume de Spiderman. Son ami Harry lui présente un ami de son professeur de science, le bienveillant docteur Otto Octavius sur lequel il doit rédiger un mémoire. Celui-ci travaille sur la fusion qu'il croit pouvoir contrôler. Mais une démonstration de ses recherches tourne mal, et le docteur se voit doter de 4 membres mécaniques supplémentaires greffés sur sa colonne vertébrale et qui prennent le contrôle de son esprit…
Peter Parker a retrouvé un équilibre de vie et il veut se marier avec Mary Jane. Pendant une nuit au parc, alors que Peter et Mary Jane sont ensemble, une petite météorite tombe tout près du lieu où ils se trouvent, et une particule s'en échappe, libérant, en éclatant, une matière visqueuse, la Venom, qui s'attache à la mobylette de Peter. Pendant ce temps, Flint Marko s'échappe de la prison où il était détenu pour cambriolage afin d'aller revoir sa fillette qui lui manque terriblement, mais dont il n'a pas le droit de s'approcher à cause de l'injonction d'éloignement obtenue contre lui par son ex-femme ; pendant sa fuite, il tombe dans un accélérateur de particules, qui fond son corps avec le sable et il devient l’Homme-Sable. Le meilleur ami de Peter, Harry Osborn, veut venger la mort de son père, et, croyant que Spider-Man est la cause de cette mort, l'attaque.
Abandonné par ses parents lorsqu’il était enfant, Peter Parker a été élevé par son oncle Ben et sa tante May. Il est aujourd’hui au lycée, mais il a du mal à s’intégrer. Comme la plupart des adolescents de son âge, Peter essaie de comprendre qui il est et d’accepter son parcours. Amoureux pour la première fois, lui et Gwen Stacy découvrent les sentiments, l’engagement et les secrets. En retrouvant une mystérieuse mallette ayant appartenu à son père, Peter entame une quête pour élucider la disparition de ses parents, ce qui le conduit rapidement à Oscorp et au laboratoire du docteur Curt Connors, l’ancien associé de son père. Spider-Man va bientôt se retrouver face au Lézard, l’alter ego de Connors. En décidant d’utiliser ses pouvoirs, il va choisir son destin…
Peter Parker a une vie très occupée partagée entre son combat contre les vilains et la personne qu’il aime, Gwen. Il attend donc son diplôme de fin de lycée avec impatience. Peter n’a pas oublié la promesse qu’il a faite au père de Gwen : la protéger en restant hors de son existence. Une promesse qu’il ne peut pas tenir. Les choses vont changer pour Peter quand un nouveau vilain fait son apparition, Electro, quand un vieil ami fait son retour, Harry Osborn, et quand Peter découvre de nouveaux indices sur son passé.
Après ses spectaculaires débuts dans Captain America : Civil War, le jeune Peter Parker découvre peu à peu sa nouvelle identité, celle de Spider-Man, le super-héros lanceur de toile. Galvanisé par son expérience avec les Avengers, Peter rentre chez lui auprès de sa tante May, sous l’œil attentif de son nouveau mentor, Tony Stark. Il s’efforce de reprendre sa vie d’avant, mais au fond de lui, Peter rêve de se prouver qu’il est plus que le sympathique super héros du quartier. L’apparition d’un nouvel ennemi, le Vautour, va mettre en danger tout ce qui compte pour lui...
Peter et ses amis passent leurs vacances d’été en Europe. Mais ils n’auront pas vraiment l’occasion de se reposer puisque Peter accepte d’aider Nick Fury pour débusquer les mystérieuses créatures qui sont la cause des catastrophes naturelles qui frappent le continent.
Après les événements liés à l'affrontement avec Mysterio, l'identité secrète de Spider-Man a été révélée. Il est poursuivi par le gouvernement américain, qui l'accuse du meurtre de Mysterio, et traqué par les médias. Cet événement a également des conséquences terribles sur la vie de sa petite-amie M.J. et de son meilleur ami Ned. Désemparé, Peter Parker demande alors de l'aide au docteur Strange. Ce dernier lance un sort pour que tout le monde oublie que Peter est Spider-Man. Mais les choses ne se passent pas comme prévu, et cette action altère la stabilité de l'espace-temps. Cela ouvre le « multivers », un concept terrifiant dont ils ne savent quasiment rien...